L’objectif du SBM est d’offrir aux chercheurs de l’IMEP
l’application des méthodes de la biologie moléculaire aux disciplines de
l’écologie tout en permettant différents niveaux d’implication et de
compétence; il peut s’agir d’une utilisation ponctuelle de l’outil PCR pour
étudier les flux biologiques à l’échelle d’un paysage (Génétique des
populations), pour vérifier la différenciation de deux taxons (Systématique),
ou d’utilisation plus poussées telles que révéler la généalogie de gènes et en
déduire l’histoire des espèces (Phylogéographie), ou enfin, rechercher des
gènes en relation avec des adaptations, des traits d’histoire de vie et en
étudier l’expression (Génétique fonctionnelle).
Le service se situe sur deux sites, à St Jérome (couloir
442) et à l'Arbois (Bat. Villemin). Après 4 ans d’existence une certaine
spécialisation apparaît sans pour autant être exclusive. Sur le site de St
Jérôme la maîtrise notamment des techniques de clonage, d’extraction d’ARN et
de construction génétique permettent l’étude des gènes et de leur fonction,
alors que sur le site de l’Arbois seules les techniques les plus simples de la
biologie moléculaire sont développées (extraction d’ADN, PCR, électrophorèse)
dans le but de révéler le polymorphisme génétique.
Voici une liste résumant par site les méthodes de Biologie
Moléculaire dont dispose le SCBM :
St Jérome :
- Extraction, Purification,
Quantification d'ADNs, d'ARNs et de protéines
- Amplification PCR, thermocycleurs
(2 X 48 et 96 échantillons).
- Electrophorèse : Verticale sur
Acrylamide de type gel de séquence pour les marqueurs multilocus, et
différentes cuves horizontales sur agarose (mini et maxi).
- Révélation : BET pour les gels
agarose et Nitrate d'Argent pour les gels d'Acrylamide. Un système vidéo
permet l'acquisition des profils d'électrophorèse sur disquette.
- Hybridation moléculaire
(Southern, Northern, Western Blots…)
- Clonage moléculaire : le service
dispose de tout le matériel nécessaire au clonage moléculaire, une collection
de cellules compétentes et de vecteurs.
- Hottes PSM2 et matériel de culture
cellulaire.
- Hottes aspirantes de sécurité
Arbois
- Extraction (broyeur à bille),
purification et quantification de l'ADN
- Amplification PCR, thermocycleurs
(25 et 96 échantillons).
- Electrophorèse : mini-cuves
agarose et cuve verticale acrylamide pour AFLP
- Révélation : BET et Nitrate
d'argent pour les gels d’acrylamide qui sont scannés ou saisis directement.
- Polymorphisme enzymatique : tout
matériel pour électrophorèse enzymatique sur gel d'amidon
- Hottes aspirantes de sécurité
Marqueurs disponibles :
Une collection d'amorces PCR a déjà été constituée et
s'enrichie régulièrement. Elle permet actuellement de tester l'amplification de
marqueurs multilocus (AFLP, ISSR, RAPD) et de gènes nucléaires ou
chloroplastiques (rDNA, introns ou espaceurs chloroplastiques).
Séquençage :
Le service ne disposant pas de séquenceur les utilisateurs
qui veulent acquérir des séquences devront recourir aux services d'une société
privée. Cette solution est actuellement la plus rentable et est appliquée par
la grande majorité des laboratoires. Il est possible de séquencer des fragments
d'ADN clonés ou issus de produit PCR après purification.
Utilisation de la radioactivité :
Actuellement, les révélations des profils AFLP se font par
coloration au nitrate d'argent qui donne une résolution suffisante. Pour les
techniques de blotting, des sondes froides sont utilisées. L'utilisation de la
radioactivité est actuellement exclue faute d'habilitation des locaux et du
personnel.
Implication du SCBM dans les recherches de l’IMEP :
Auto-écologie de la Jussie (Ludwigia) en région
méditerranéenne. thèse de Sophie Dandelot soutenue en Septembre 2004
Facteurs écologiques et évolutifs influençant les processus
d'invasion chez Carpobrotus (Aizoaceae) en région méditerranéenne. Thèse de
Carey Suehs soutenue le vendredi 8 juillet 2005
Apport de la phylogéographie, de la dynamique et de la
structure des populatiuons pour la conservation de végétaux endémiques
méditerranéens. Katia Diadema soutenue le 19 mai 2006
Potentialités d'hybridation entre rosiers sauvages et
cultivés. Thèse de Sébastien Ricci en préparation
Processus biologiques et analyse spatio-temporelle, au
niveau d'un paysage de bocage de moyenne montagne (Vallée du Champsaur, Htes
Alpes). thèse de Pascal Campagne en préparation
Analyse moléculaire de la formation des microgamètes
non-réduits chez Rosa ssp. Thèse de Yann Pecrix en préparation
Morphological polymorphism and rDNA ITS sequences variation
of Armeria (Plumbaginaceae) in South-Eastern France. Alex Baumel, Pascal Auda,
Franck Torre, and Frédéric Médail, en préparation
Perspectives :
Dans le cadre du screening de polymorphisme un effort est
fait et devra s’accentuer pour standardiser, automatiser et augmenter le débit
du génotypage. Un broyeur à bille a été récemment acquis (novembre 2006) dans
ce sens. L’acquisition d’un analyseur génétique à 16 capillaires doit être
recherché vu l’absence de plateforme de génotypage à Marseille. Les chercheurs
sont également demandeurs d’un appareil de PCR en temps réel pour analyser
l’abondance de certaines espèces au sein de communautés, les niveaux de
transcrits de certains gènes…
Une opportunité d’obtention de ce type d’équipement mi-lourd
s’ouvrira peut être avec le développement d’une plate forme biotechnologique à
St Jérôme. Enfin, dans l’éventualité de l’intégration de nouvelles équipes de
Saint Charles (nouveau quadriennal), une extension du SBM au site de Saint
Charles est envisagée.
