Université  Aix-Marseille Caroline Costedoat

Docteur en Sciences

Maître de conférences

IMBE - CNRS UMR 7263 - INEE

Sa page perso
Facultés des Sciences St Charles
Case 36
3, Place Victor Hugo
13331 Marseille cedex 03
Email: caroline.costedoat@univ-provence.fr
Tél: 04 13 55 11 58
Fax: 04 13 55 07 86
Département : Paléoenvironnements et biogégraphie évolutive
Equipe : EVOLUTION, GENOME, ENVIRONNEMENT
Expertise : Interactions Génome-Environnement
Thèmes de recherche, mots clé :
Eco-génomique ; micro macro évolution ; spéciation ; hybridation ; conservation
Enseignement :
  • M2… Génétique de la conservation ; Génomique des populations
  • M1… Bases génétiques de la biodiversité et conservation ; Ecologie moléculaire et phylogéographie
  • L3… Phylogenie et zoologie ; Génomique des populations ; Evolution ; Bioinformatique ;
  • L2… Phylogénie moléculaire ; Bioinformatique
  • L1… Projet : Ecosystème aquatique ; Enseignant référent

    Co-direction de thèse :
  • Melthide SINAMA (bourse région PACA-entreprise) ;
  • Jonathan BONET (bourse 100% région PACA)
  • Co-direction Master 2 BBSG: Aurélie TRILLES (2010)
  • Tâches administratives:
  • Membre élu au Conseil Consultatif d'Unité (suppléante).
  • Membre élu à la commission enseignement (UFR SVTE)
  • Membre élu au conseil de département (UFR SVTE)
  • Publications récentes:
    2011
  • Malausa T, Gilles A, Meglécz E, Blanquart H, Duthoy S, Costedoat C, Dubut V, Pech N, Castagnone-Sereno P, Délye C, Feau N, Frey P, Gauthier P, Guillemaud T, Hazard L, Le Corre V, Lung-Escarmant B, Malé PJG, Ferreira S & Martin JF. High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries. Mol. Ecol. Res.(in press)
  • Sinama, M., Dubut, V., Costedoat, C., Gilles, A., Junker, M., Malausa, T., Martin, J.F., Nève, G., Pech, N., Schmitt, T., Zimmermann, M. & Meglécz, E. Challenge for microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study. European Journal of Entomology, (in press).

    2010
  • Martin JF, Pech N, Meglecz E, Ferreira S, Costedoat C, Dubut V, Malausa T and Gilles A. Representativeness of microsatellite distributions in genomes, as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing. BMC Genomics, 11:560, doi:10.1186/1471-2164-11-560; 2010.
  • Sinama M*, Dubut V*, Costedoat C , Gilles A, Junker M, Malausa T, Martin JF, Neve G, Pech N, Schmitt T, Zimmermann M and Meglecz E. Challenge for microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study. European Journal of Entomology, in press.
  • Dubut V, Grenier R, Meglecz E, Chappaz R, Costedoat C, Danancher D, Descloux S, Malausa T, Martin JF, Pech N, Gilles A. Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered Zingel asper L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other percids. European Journal of Wildlife Research, 2010, doi: 10.1007/s10344-010-0421-x.
  • Meglecz E, Costedoat C, Dubut V, Gilles A, Malausa T, Pech N & Martin JF. QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing project. Bioinformatics, 2010, vol 26 (3) 403-404; doi: 10.1093/bioinformatics/btp670.
  • Gilles A, Costedoat C, Barascud B, Voisin A, Banarescu P, Bianco PG, Economidis PS, Maric D & Chappaz R. Speciation pattern of Telestes souffia complex (Teleostei, Cyprinidae) in Europe using morphological and molecular markers. Zoologica Scripta, 2010, vol 39 (3) 225-242; doi:10.1111/j.1463-6409.2010.00417.x
  • Corse E, Costedoat C, Chappaz R, Pech N, Martin JF & Gilles A. A PCR-based method for diet analysis in freshwater organisms using 18SrDNA barcoding on faeces. Molecular Ecology Resources, 2010, vol 10 (1) 96-108; doi:10.1111/j.1755-2009-02795.x
  • Dubut V*, Sinama M*, Martin JF, Meglecz E, Fernandez J, Chappaz R, Gilles A and Costedoat C. Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: A tool for evolutionary, population genetics and hybridization studies. BMC Research Notes, 2010, 3:135; doi:10.1186/1756-0500-3-135.

    2009
  • Dubut, V ; Martin, JF; Gilles, A; Van Houdt, J; Chappaz, R and Costedoat, C. Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci for the dace complex: Leuciscus leuciscus (Teleostei: Cyprinidae). Molecular Ecology Resources 2009 ; 9 (4) : 1179-1183.
  • Dubut, V ; Martin, JF; Costedoat, C; Chappaz, R and Gilles, A. "Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the freshwater fishes Telestes souffia and T. muticellus (Teleostei: Cyprinidae). Molecular Ecology Resources 2009 ; 9 (3) : 1001-1005.
  • Costedoat C & Gilles A. Quaternary pattern of freshwater fishes in Europe: comparative phylogeography and conservation perspective. Open Conservation Biology Journal, 2009, 3, 36-48
  • Activités

  • Etude éco-génomique de zones hybrides (modèles d'études : Cyprinidae européens) - Evolution des génomes dans un contexte de zones hybrides (génotypage à grande échelle ; cartographie génomique ; expression de gènes). APO Région PACA Blue-gene.
    - Mise en place et application du principe de Barcoding pour l'étude du régime alimentaire. Application et limites des isotopes stables.
    - Evolution des formes (morphométrie), scalimétrie (âge).
    - Etude parasitaire.
    - Etude des pressions environnementales.
  • Phylogéographie comparée des Cyprinidae européens Répartition géographique des Cyprinidae, étude phylogénomique, morphométrique.
  • Diversité génétique et phénomènes de spéciation des Cichlidae d'Afrique de l'Ouest vivant dans des lacs volcaniques.

  • Diversité et structure génétique de l'Apron, Zingel asper, en relation avec la fragmentation des cours d'eau par les barrages EDF.
  • Colloques:
  • Costedoat C., De Jong L. & Thiéry A. Unknown biodiversity of free living flatworms (Platyhelminthes 'Turbellaria') from French Mediterranean freshwater temporary ponds 3rd International Macrostomum Meeting, 31 July 2009, Diepenbeek, Belgium.
  • CF Bilong Bilong, C. Costedoat, K. Elmer, A Gilles , A. Meyer, S Morand, A. Nyom Bitja, A Pariselle, N. Pech (Alphabetical order). Cryptic species in western and central Africa cichlids. Poster présentation : European Congres of Evolution ESEB congres, Torino, 24-29 Aout 2009.
  • E. Corse, C. Costedoat, N. Pech, R Chappaz & A Gilles. Les crottes passent à la caisse: développement d'un barcoding alimentaire adapté aux poissons de rivières. 4e rencontre de l'Ichtyologie en France, RIF Paris 24-27 Mars 2009.