André Gilles Docteur en Sciences Maître de conférences IMBE - CNRS UMR 7263 - INEE Sa page perso		Facultés des Sciences St Charles 3, Place Victor Hugo 13331 Marseille cedex 03 Email: andre.gilles@univ-provence.fr Téléphone: 04 13 55 07 58
Département : Paléoenvironnements et biogégraphie évolutive Equipe : EVOLUTION, GENOME, ENVIRONNEMENT
Expertise : Interactions Génome-Environnement
Thèmes de recherche, mots clé : Eco-génomique ; micro et macro évolution ; spéciation ; hybridation ; conservation ; phylogéographie.
Enseignement : Membre du jury du CAPES externe des Sciences de la Vie et de la Terre (2007, 2008, 2009, 2010). Responsable du module L2 " Phylogénie moléculaire ". (avec C. Costedoat) Responsable du module " Génomique des populations " (avec les Dr N. Pech et C. Costedoat). Responsable du module L3 " Phylogénie des Métazoaires, Anatomie et Morphologie " Aix-Marseille I. Développement de ce même enseignement pour le CTES (avec le Dr B. Barascud). Responsable du module M1 " Génétiques des populations - Evolution des plans d'organisation des Métazoaires : Aspects moléculaires " Aix-Marseille I. Co-Responsable (avec le Dr F. Coulier) du module M1 " Phylogénie et évolution " Aix-Marseille II. Co-Responsable (avec le Dr F. Coulier) du module " Phylogénomique et génomique des populations " au M2 Bioinformatique Biologie structurale et Génomique. Aix-Marseille I. et II.				Tâches administratives: Animateur de l'équipe Evolution Génome Environnement de L'UMR IMEP. Co-responsable (avec le Dr C. Cuoc) du parcours BEE (Biologie évolution environnement) Co-responsable (avec le Dr C. Cuoc) du futur parcours BOE (Biologie des organismes et évolution) de la mention Biologie. Membre du conseil d'administration du Master BBSG (Bioinformatique Biologie structurale et Génomique) de 2005-2009. Membre du jury du CAPES externe des Sciences de la Vie et de la Terre (2007, 2008, 2009). Ancien Membre de la commission de spécialistes des universités d'Aix-Marseille I, II et III et de la commission mixte de l'université d'Aix-Marseille II. Personne compétente en radioprotection jusqu'au 1er février 2008. Membre de l'Editorial Board de "The open conservation biology journal" depuis Janvier 2008. Editeur associé de la revue "Cybium" depuis Janvier 2010.
Publications récentes (2009): 2011 Gilles A*, Meglécz E*, Pech N*, Ferreira S, Malausa T and Martin J-F. (accepted with minor revisions). Accuracy and quality assessment of 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing. BMC Genomics. Meglécz, E., Piry, S., Desmarais,E., Galan., M, Gilles, A., Guivier, E., Pech, N., and Martin, JF. 2010. SESAME (SEquence Sorter & AMplicon Explorer): Genotyping based on high-throughput multiplex amplicon sequencing. Bioinformatics online. Thibaut Malausa, André Gilles, Emese Meglécz, Hélène Blanquart, Stéphanie Duthoy, Caroline Costedoat, Vincent Dubut, Nicolas Pech, Philippe Castagnone-Sereno, Christophe Délye, Nicolas Feau, Pascal Frey, Philippe Gauthier, Thomas Guillemaud, Laurent Hazard, Valérie Le Corre, Brigitte Lung-Escarmant, Pierre-Jean G. Malé, Stéphanie Ferreira & Jean-François Martin. High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries. Mol. Ecol. Res, in press. Sinama M*, Dubut V*, Costedoat C , Gilles A, Junker M, Malausa T, Martin JF, Neve G, Pech N, Schmitt T, Zimmermann M and Meglecz E. Challenge for microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study. European Journal of Entomology, in press. 2010 Corse E., Costedoat C., Chappaz R., Pech N., Martin J.-F. & Gilles A., 2010. PCR-based method for diet analysis in freshwater organisms using 18S rDNA barcoding on faeces. Molecular Ecology Resources, 10 : 96-108. Dubut V, Grenier R, Meglécz E, Chappaz R, Costedoat C, Danancher D, Descloux S, Malausa T, Martin JF, Pech N, & Gilles A. Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered Zingel asper L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other Percids, Eur. J. Wildl. Res. doi 10.1007/s10344-010-0421-x Dubut V*, Sinama M*, Martin JF, Meglécz E, Fernandez J, Chappaz R, Gilles A, Costedoat C 2010. Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: A tool for evolutionary, population genetics and hybridization studies, BMC Res. Notes 3: 135. Gilles A, Costedoat C, Barascud B, Voisin A, Banarescu P, Bianco P.G, Economidis P.S, Maric D, & Chappaz R. 2010. Speciation pattern of Telestes souffia complex (Teleostei, Cyprinidae) in Europe using morphological and molecular markers. Zoologica Scripta, 39: 225-242. Martin JF, Pech N, Meglécz E, Ferreira S, Costedoat C, Dubut V, Malausa T, Gilles A. 2010. Representativeness of microsatellites distribution in genomes as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing, BMC Genomics, 11:560. Meglécz, E., Costedoat, C., Dubut, V., Gilles, A., Malausa, T., Pech, N., Martin, JF. 2010. QDD: a user friendly program to choose microsatellite markers and design primers from large sequencing projects. Bioinformatics 26: 403-404. 2009 Corse E., Costedoat C., Pech N., Chappaz R., Grey J. & Gilles A. Trade-off between morphological convergence and opportunistic diet behavior in fish hybrid zone. Frontiers in zoology 6 (26), online, 2009. Costedoat C & Gilles A. Quaternary pattern of freshwater fishes in Europe: comparative phylogeography and conservation perspective. Open Conservation Biology Journal, 3, 36-48, 2009. Dubut, V ; Martin, JF; Gilles, A; Van Houdt, J; Chappaz, R and Costedoat, C. Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci for the dace complex: Leuciscus leuciscus (Teleostei: Cyprinidae). Molecular Ecology Resources 2009 ; 9 (4) : 1179-1183. Dubut, V ; Martin, JF; Costedoat, C; Chappaz, R and Gilles, A. "Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the freshwater fishes Telestes souffia and T. muticellus (Teleostei: Cyprinidae). Molecular Ecology Resources 2009 ; 9 (3) : 1001-1005. Dubut V, Cartault F, Gilles A, Thionville M.-D. & Murail P., 2009. Genetic data analysis of 10 Y-STR loci in two ethnic groups of Asian ancestry (Gujarat and Guangdong-Fujian provinces) from Reunion Island (Indian Ocean). Legal Medicine, 11 : 104-106.
Activités Phylogéographie comparée et conservation des poissons européens d'eau douce. Etude éco-génomique des zones hybrides (barcoding alimentaire, morphologie, génotypage). Diversité génétique et phénomène de spéciation chez les Cichlidae des lacs de cratères d'Afrique Centrale et de l'Ouest. Développement d'outils pour l'analyse génomique : 454 ; Illumina ; SMRT. Génotypage à grande échelle.
Colloques : 2010 Gilles A., Nyom Bitja, A, Pech N., Costedoat C., Morand S., CF Bilong Bilong, Pariselle A. Pattern phylogéographique et spéciation de deux lignées de Cichlidés dans les lacs de cratère de la Ligne Volcanique du Cameroun, approche morphologique et moléculaire. Colloque IFORA, Montpellier, Juin 2010. Nyom Bitja, A, Gilles A., Pariselle A., Snoeks J., CF Bilong Bilong. Divergences morphologiques d'un cichlidé endémique de deux lacs de cratère du Sud-Ouest et affinités avec les Tilapias de la Ligne Volcanique du Cameroun. Colloque IFORA, Montpellier, Juin 2010. 2009 CF Bilong Bilong, C. Costedoat, K. Elmer, A Gilles , A. Meyer, S Morand, A. Nyom Bitja, A Pariselle, N. Pech (Alphabetical order). Cryptic species in western and central Africa cichlids. Poster présentation : European Congres of Evolution ESEB congres, Torino, 24-29 Août 2009. E. Corse, C. Costedoat, R Chappaz & A Gilles. Les crottes passent à la caisse: développement d'un barcoding alimentaire adapté aux poissons de rivières. 4e rencontre de l'Ichtyologie en France, RIF Paris 24-27 Mars 2009. Conférencier invité 2010 Université de Konstanz (invité par Pr Axel Meyer) : Symposium of the Leopoldina -- the German National Academy of Sciences : " Genomics of speciation, species differences and adaptations. Modern approaches to ecology and evolution " August 3-6th 2010. 2009 IUFM Aix-Marseille (invité par M Christian Le Guillou), Collège Versailles : " La sélection naturelle, un cadre pour l'action scientifique ". 2008 IUFM Aix-Marseille (invité par M. Alain Faralli et Christian Le Guillou) : Conférences liées à la mise en place des programmes de SVT de la classe de troisième. Université de Konstanz (invité par le Professeur Axel Meyer) : " Ecogenomic of hybrids zones " Professeur invité