Un des objectifs de ce travail de thèse a été de décrire la contamination importante des grains du café robusta (Coffea canephora) par des moisissures au cours des traitements post récolte des cerises de café par la voie sèche, dans une zone tropicale humide. La stratégie d'échantillonnage a consisté à faire des prélèvements durant deux années successives (2008 et 2009) d'une part sur différentes zones de production de café en Côte d'Ivoire et d'autre part, sur la même zone mais chez des producteurs de café utilisant différents procédés de séchage des grains de café. A partir de 31 échantillons, 218 souches sauvages de moisissures ont été isolées sur milieu Potato Dextrose Agar (PDA) et identifiées.
Ces champignons filamenteux sont répartis comme suit : Aspergilli noirs (52%) ; Aspergilli verts (13%), Penicillium (10%), Mucor (16%), Fusarium (4%), autres (5%). Les Aspergilli noirs parmi lesquels se retrouvent Aspergillus niger et Aspergillus carbonarius représentent 52% de la population fongique, avec une proportion de 30% en 2008 et 70% en 2009 de la flore fongique totale.
Ce groupe a été retenu pour une étude de leur pouvoir mycotoxinogène. La plupart des souches cultivées sur des milieux et des conditions d'incubation spécifiques, sont capables de produire une ou plusieurs mycotoxines.
L'analyse des mycotoxines d'une centaine de moisissures isolées du café robusta a mis en évidence que l'ochratoxine A (OTA) n'est pas la seule mycotoxine susceptible de contaminer le café robusta en Côte d'Ivoire. En effet plusieurs souches appartenant au groupe Aspergillus Nigri ont montré leur aptitude à produire non seulement de l'ochratoxine A mais aussi de l'aflatoxine. Cependant l'espèce carbonarius reste la plus ochratoxinogène, par contre cette souche ne produit pas d'aflatoxine.
Parallèlement à l'isolement des moisissures, 44 souches de bactéries lactiques (LAB) ont été isolées à partir des cerises de café fraîches, prélevées en Côte d'Ivoire en 2009. Les caractères morphologiques, biochimiques et culturaux ont été étudiés. L'identification moléculaire des souches a permis de les classer dans le groupe de Lactobacillus plantarum sp. Après un criblage orienté, il a été possible de sélectionner deux souches de LAB avec un effet important d'inhibition de croissance des moisissures mycotoxinogènes. Les deux souches de Lactobacillus plantarum ont démontré une activité antifongique contre les souches d'Aspergillus carbonarius hautement ochratoxinogènes. Par conséquent la prévention de la mycotoxinogenèse sur café robusta, pourrait passer par l'inhibition de la croissance de certaines moisissures ochratoxinogènes. Les résultats acquis au cours de ce travail de thèse serviront de base afin de poursuivre cette étude d'une part avec des essais in situ pour tester l'efficacité des LAB sélectionnées et d'autre part, rechercher les biomolécules actives contre la germination des spores des contaminants naturels post récolte en particulier des grains de café en Côte d'Ivoire et des fruits et légumes en général.

Mots clés : Café robusta, moisissures post récolte, ochratoxine A, aflatoxine, Aspergillus groupe Nigri, Aspergillus carbonarius, Bactéries lactiques, Lactobacillus plantarum, effet antifongique.