Aix Marseille Université 2012 Samah GASMI
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Tél : 04 13 55 12 17 		Adresse postale :
Université de Provence
IMEP UMR CNRS 6116
Centre Saint-Charles - Case 36
3, place Victor Hugo
13331 Marseille Cedex 03 - France 		Ecole doctorale :
Sciences de l'Environnement
Sujet de la thèse :
Phylogénie et structure de populations chez les Chaetognathes
Direction :
Fathia ZGHAL et Yvan PEREZ 		Dep. III : Paléoenvironnements et biogéographie évolutive
Equipe : EVOLUTION, GENOME, ENVIRONNEMENT
Mode de financement : Bourse tunisienne de 3eme cycle

  • Organisme financeur : Faculté des Sciences de Tunis
    • Date de première inscription en thèse :Oct. 2009 - Date de soutenance envisagée : Octobre 2012

    Résumé

    Echantillonnage et détermination : une étape importante du travail consiste dans l'élargissement du spectre des espèces de chaetognathes précédemment étudiées. Nous analyserons une série de missions en mer pour collecter de nouvelles espèces méditerranéennes (Marseille, Villefranche-sur-Mer, Naples et Tunis). Nous sommes engagés dans le programme TARA (contact : Gaby Gorsky, OOV) qui apportera durant les trois années de la thèse du matériel provenant des trois bassins océaniques. Parallèlement, il sera nécessaire de travailler avec différentes stations biologiques et laboratoires, ceci afin d'élargir l'échantillonnage taxonomique :
  • Océan Atlantique Nord, Mer Baltique (contacts : Steffen Harzsch et Carsten Mueller, Université de Greifswald ; Andreas Wanninger, Université de Copenhague) ;
  • Caraïbes, Golf du Mexique (contacts : John Lamkin et Akihiro Shiroza, Université de Miami, Rosenstiel School of Marine and Atmospheric Sciences) ;
  • Océans Indien et Pacifique (contacts : Loïc Charpy, Marc Pagano et Gisèle Champalpert, IRD CyRoCo).

    Analyses morphométriques : les chaetognathes, organismes à symétrie bilatérale, ne présentent pas un habitus rectiligne lors de la fixation. Pour tester la validité des caractères morphologiques traditionnellement utilisés dans la classification des chaetognathes, nous proposons une méthode de reconstruction de la morphologie rectiligne, pré requis à l'analyse de la forme par points homologues (méthode Procruste). Le dendrogramme de similarité de formes obtenu sera comparé avec celui déduit de l'analyse des séquences de 18S et 28S.

    Analyse moléculaire : pour l'analyse de la phylogénie du phylum notre attention ce concentrera sur les gènes ribosomaux 18S et 28S. Dans le cadre de la génétique des populations chez Spadella cephaloptera, nous proposons de développer une étude plus approfondie du polymorphisme génétique chez des populations prélevées dans différentes stations méditerranéennes (Marseille, les Baléares, Tunis, Villefranchesur- Mer et Naples) afin de mieux comprendre l'origine du taux mutationnel élevé observé chez cette espèce. Le génome mitochondrial est connu(7). Dans une première approche, les marqueurs moléculaires potentiels qui seront utilisés pour cette analyse sont les gènes mitochondriaux cytb, 16S et cox1.

    Reconstruction phylogénétique et méta-analyse : bioinformatique et reconstruction phylogénétique sur la base d'un jeu de données intégrant la concaténation des séquences obtenues au cours de la thèse avec les séquences déjà disponibles dans les bases de données. Analyse de l'histoire évolutive des chaetognathes et polarisation des caractères : les conclusions seront considérées à la lumière des caractères morphologiques et cytomorphologique, dont plusieurs semblent sujets à l'homoplasie.